Máte-li k tomu oprávnění, můžete použít administraci rovněž přidávání souborů na server. K tomu slouží správce souborů. V základním nastavení je možné spravovat tři oblasti:
- Soubory ke stažení (menu Úvod > Soubory ke stažení, přístup i z úvodní stránky; správa adresáře download)
- Soubory obrázků (menu Obrázky > Soubory obrázků, přístup i z úvodní stránky; správa adresáře img)
- Systémové soubory (menu Nastavení > Systémové soubory, adresář files)
Ať už budete editovat jakoukoliv oblast, správce souborů se bude chovat stejně.

Správce souborů (v tomto případě obrázků)
Funkce spráce souborů
V rámci správce souborů můžete provádět následující:
- Vytvářet a mazat adresáře
- Nahrávat a odstraňovat soubory
- Procházet adresářovou strukturou a prohlížet vybrané typy souborů. Některé soubory, jako jsou například xhtml šablony s koncovkou .tem je možné dokonce editovat přímo v prostředí administrace. Některé typy souborů je potom možné spusit přímo z prostředí administrace.

Editace souboru přímo v rámci administrace
Důležitá poznámka pro správce webu
Aby bylo možné správce souborů účelně používat (přidávat/mazat soubory a adresáře), je potřeba mít správně nastavená přístupová práva.
Pub-Me vám nicméně vychází vstříc a nabízí dva způsoby přístupu: pokud nemůžete používat standardní příkazy pro správu souborů (web běží v safe módu), můžete použít alternativu a v nastavení webu (config/cms-config.php) nastavit přístup pomocí ftp.